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परिवहन विभाग की मौजूदा संगठनात्मक संरचना के अनुसार निम्नलिखित शाखाएँ हैं।
प्रशासन, योजना, निगरानी और मूल्यांकन अनुभाग।
वाहन निगरानी, मानदंड निर्माण और चालक प्रबंधन, अंतर-राज्य समन्वय, अध्ययन और अनुसंधान अनुभाग।
सूचना प्रौद्योगिकी अनुभाग.
वाहन परीक्षण, देशों के भीतर यातायात प्रबंधन और वाहन मानदंड प्रबंधन अनुभाग।
सार्वजनिक परिवहन, सड़क सुरक्षा और यातायात सुदृढीकरण अनुभाग।